La serie comienza presentándonos un mundo muy distinto al que conocemos. Tras un desigualado enfrentamiento entre el imperio de Britannia y el Imperio Nippon el primero, gracias al uso de sus “Knightmare Frames” (armas robóticas), logra vencer e invadir Japón en tan sólo un mes obligando a ésta a ser llamada “Area 11” y haciéndole perder todas sus libertades y derechos.
Después de que su padre, el Emperador de Britannia, no hiciese nada para atrapar a los terroristas que asesinaron a su madre y que dejaron ciega a su hermana, nuestro protagonista Lelouch, juró destruir Britannia. Años después se ve metido en un acto terrorista de “Elevens” (ex-japoneses), y por casualidad se encuentra con una chica de cabello verde la cual le dice que le otorgará el poder que necesita para poder hacer realidad sus deseos: recuperar lo que le pertenece por legitimo derecho y acabar con la guerra entre Britannia y los rebeldes.
